Parte 1 – O Começo

No começo do jogo terá um teste de personalidade e dependendo das respostas que você der você poderá ser Bulbasuar, Charmander, Squirtle, Pikachu, Meowth, Eevee, Cubone, Psyduck, Machop, Chikorita, Cyndaquil, Totodile, Torchik, Mudkip, Treecko e Skitty. Depois que você responder as perguntas você poderá escolher seu parceiro. ATENÇÃO:Não poderá ser possível ter os parceiros Meowth, Eevee, Cubone, Psyduck, Machop, Skitty e nem um parceiro com o mesmo tipo que você. Depois de ter escolhido seu parceiro você acordará na entrada de uma floresta. Em seguida o seu parceiro pedirá seu nome então escolha bem, pois não poderá mudar durante o jogo. Depois de escolher seu nome uma Butterfree desesperada irá aparecer e pedirá ajuda porque seu filho Caterpie desapareceu na floresta. Essa será sua primeira missão então BOA SORTE.

Parte 2 – De volta para casa

Em sua primeira missão você irá para uma dungeon chamada Tiny Woods, ela possui três degraus e você pode achar Pidgey, Sunkern, Wurmple e Exeggute todos num level baixo (possivelmente um). Procure as escadas, é nelas que está seu objetivo. Nessa dungeon pode se achar apples, elas são muito boas quando você está com a barriga vazia. Depois de passar do 3º degrau você encontrará a Caterpie e depois vocês voltarão para a entrada da floresta e seu parceiro irá entregar a caterpie para a mãe e a butterfree te dará alguns itens. Logo após seu parceiro te levará para a cidade e te mostrará sua casa. Você irá ficar bem feliz e o seu parceiro pedirá o nome do seu Team então escolha um bem legal. Você irá tentar dormir, mas não conseguirá. Saia pela porta e volte para a sua cama (agora você pode salvar o jogo em cima dela), depois de acordar, saia da casa e você verá seu parceiro, em seguida, um pelipper aparecerá e deixará cartas no seu correio, vá ao correio e terá uma nova missão: salvar os Magnemites. Boa Sorte.

Você será apresentado ao mapa do jogo mas seu personagem move-se sozinho, chegando na entrada do Dungeon você encontrará dois Magnemites que dirão que um Magneton está perdido lá dentro, agora é hora de começar sua segunda missão. Este Dungeon possui 6 subsolos, você encontrará alguns pokemon selvagens aqui, pegue os itens no chão, dê preferência as Oran Berry, elas são azuis e recuperam seu HP e as Pecha Berry são rosas e curam Poison, ao completar o 6º degrau você encontrará o Magneton, seus Pokémon serão transportados para onde os Magnemites estão, você voltará para casa e, seu companheiro irá embora, o jogo perguntará se você quer salvar ou não, seu Pokémon estará dormindo onde ele sonhará algo estranho e acordará feliz. Saindo de casa, você deve olhar sua caixa postal, agora vá para a direita para conhecer a cidade.

Parte 3 – O Square

Na cidade você poderá comprar Itens no Kecleon Shop: eles vende Berrys, TM’s e ORB’s, ao lado tem o Felicity Bank aonde você poderá deixar seu dinheiro. Logo abaixo tem o Gulpin Link Shop aonde você poderá colocar golpes esquecidos ou Linkar seus golpes (você juntará seus golpes, para usá-los de uma vez), ao lado existe o Kangashan Storage aonde você guarda os itens na sua bolsa (lembrando: você só pode possuir 20 itens na sua bolsa) agora vá para a direita, você encontrará o correio comandado por Pelippers , olhe um mural na rua e, pegue todas as cartas que aparecem no mural, elas são de Pokémon que estão dentro dos Dungeons, abra elas para que você possa ajudar os Pokémon, agora volte a cidade e suba para falar com o Whiscash, volte para a sua casa e, ao invés de entrar nela siga para baixo, você pode ir para a esquerda também, mas não é necessário no momento. Na tela aparecerão todas as missões que você pode entrar novamente. As que possuírem um símbolo de carta ao lado são as que você deve ir para ajudar os Pokémon das cartas, entre em qualquer uma das missões dentro do Dungeon aperte o botão correspondente ao “B” vá até a quarta opção e novamente escolha a quarta opção. Este é o menu de cartas que você possui dos Pokémon deste Dungeon, a maioria mostra o andar que você deve ir para encontrar o Pokémon a ser ajudado.

Parte 4 – Salvando o Digglet

Depois de fazer algumas missões irá ter um terremoto e aparecerá um Dugtrio, ele pedirá ajuda para salvar seu filho no Mt.Steel, depois dele desaparecer vá para o Sul ao destino do Mt.Steel. Essa Dungeon possui 9 andares. No 9º andar você enfrentará o seu primeiro chefão um Skarmory, não será muito difícil nem muito fácil. Depois de derrotá-lo você poderá salvar o Digglet e como possui uma fenda lá, você não poderá passar. Agora você terá os Magnemites para te ajudar e depois que salvar o digglet você voltará para casa.

Na cidade você verá que todos estão felizes e seu Pokémon irá dormir, ao acordar vá falar com a Wigglytuff, ela é nova na cidade e está do lado do Persian. Os Magnemites irão aparecer e pediram para serem seus amigos, diga que sim. A esquerda da cidade, os Pokémon estão discutindo quando aparece Charizard, Alakazam e Tyranitar e acalmarão os ânimos, você notará que um Gengar está ouvindo tudo atrás de uma árvore.

Tudo calmo novamente. Você pode ir treinar na parte sul da cidade em um centro de treinamento que é dirigido por um Makuhita, agora compre todas as friends areas que a Wigglytuff tem para vender, se você não tiver dinheiro é só fazer missões de resgate. Agora volte a fazer as missões que você possui nas cartas, após algumas missões o time de Gengar estará te esperando fora da sua casa e deixarão algo na sua caixa postal, pegue mais cartas de pedido de socorro e faça algumas missões até que o Caterpie apareça na sua casa dizendo que está sendo perseguido pelo time Gengar. Vá para o sul e escolha a missão que possui “GO!” ao lado. Esta Dungeon possui treze andares e quando você completar o décimo terceiro andar você enfrentará o segundo chefão: o time de Gengar, concentre-se em um de cada vez, não se esqueça de usar os ataques que você possui na primeira opção do menu do botão “B”, eles são muito mais fortes do que o ataque que você dá apertando o botão “A”. Uma dica: os ataques são os mesmos que você aprende nas versões de RPG de Pokémon, ou seja, quanto maior o seu Level melhor serão os ataques. Após derrotá-los, um Metapod falará com você e todos voltarão para sua casa e você dormirá. Ao acordar um Jumpluff aparecerá no lado de fora de sua casa, vocês conversarão sobre o Shiftry e os Nuzleafs da confusão na cidade, agora você irá para a sua próxima missão. Este Dungeon é de dificuldade média, então tome cuidado e tente aumentar seu Level. Após passar por todos os andares você reencontrará o Jumpluff, vocês subirão e ao encontrar o Shiftry, um Zapdos aparecerá e o levará dali. Você voltará para sua casa e após conversar com o Jumpluff, a equipe A.C.T. (Alakazan, Charizard e Tyranitar) aparecerá e conversará com você e depois você dormirá. Ao acordar você já pode ir para outra missão, mas eu aconselho aumentar seu Level no centro de treinamento ,pois seu próximo chefão será o Zapdos.

Parte 5 – A ave lendária do trovão

Depois de dormir vá ao Mt.Thunder. Essa dungeon possui 11 degraus, quando chegar no 11º aparecerá a estatua do Kangashan para você salvar o jogo depois siga enfrente e terá que passar mais 3 degraus. No terceiro a lenda estará te esperando. Depois de derrotar Zapdos e salvar o Shiftry você voltará para sua casa. Ao acordar, desça e aceite a próxima missão, após passar os doze andares do Dungeon você conversará com um Xatu, quando o Gengar aparece, então seus Pokémon voltam para a sua casa, ao acordar converse com seu parceiro e vá para a cidade conversar com o Snubull, Lombre e Bellsprout e, após suba para ver o Whiscash. Ele falará com você, volte para sua casa e vá dormir. Você sonhará com um Gardevoir, quando você acordar você se lembrará da conversa com o Whiscash, vá para a cidade, ninguém estará cuidando de nada, todos estarão em volta do Gengar que estará falando mal de você, agora espere uma longa e chata cena rolar e no final dela você voltará para sua casa e seu Pokémon ajudante te impedirá de passar até que você escolha a primeira opção, no final de outra cena você entrará em outro Dungeon, o Chefão desta vez será o Moltres.

Parte 6 – Fogo e Gelo

Antes de você chegar ao Dungeon do Moltres você terá que passar por uma caverna chamada de Lápis Cave (aqui possui bagons) de 14 subsolos. Ao sair você pode salvar o jogo, então entre na Dungeon do Moltres. A Dungeon principal possui 13 andares onde você encontrará a estátua do Kanghaskan, e então mais dois andares até o Moltres, sendo que no terceiro você o enfrenta. Após derrotá-lo seus Pokémon irão sair do Dungeon e, vão se direcionar ao Dungeon do Articuno. No caminho você encontrará um Absol que fugirá ao ver você, chegando à entrada do Dungeon do Articuno você verá a estátua do Kanghaskan onde você pode depositar seus itens e pegar alguns a mais. A Frosty Florest possui 9 andarem e mais 5 até articuno. Nessa dungeon a alguns pokemons fortes, cuidado!!! depois de chegar no 9º degrau você encontrará a Estátua do Kangashan, salve o jogo se possível e passe mais 5 degraus. No 5º está articuno. Se você estiver com algum pokémon de planta cuidado com os Ice Wynd. Após derrotar Articuno ele continuará querendo lutar, então Absol entrará e acabará com a briga, Absol irá falar umas coisas e no final pedirá para entrar no seu time. Com mais um integrante na equipe, vocês continuam sua caminhada. Você começará a ter um ”treco” e a ouvir vozes da gardevoir, seus parceiros pensarão que você é louco, mas só você pode vê-la. Gardeovir dirá para você ir ao Mt. Freeze para falar com Ninetales que está a sua espera. Passe pelos 16 andares iniciais, depois salve o jogo no Kangaskhan e continue. Após passar por mais cinco andares, você chegará ao topo. A equipe A.C.T começará a te atacar, por causa das coisas que gengar disse, mas Ninetales chega e termina a briga, então Alakazam pergunta para Ninetales quem é o humano da lenda, ela irá contar a história, mas não se preocupe não é você! Seu amigo fica feliz e Tyranitar pede desculpa e ao mesmo tempo acontece um terremoto, Ninetales falará que é Groundon e que vocês devem ir atacá-lo, mas Alakazam não permite, pois ele é muito mais poderoso do que você pode imaginar. Então eles vão sozinhos para lá...

Parte 7 – Enfrentado o Guardião

Depois disso você voltará para o Square e todos ficarão surpresos com sua volta, seu parceiro começa a brigar com gengar e então o pelliper chega enviando cópias de jornais que está escrito que você é inocente. Todos começam a correr atrás do Gengar, com raiva dele. No dia seguinte cumpra algumas missões, depois de ter um sonho com Gardevoir você irá ver um Wobbuffet e um Wynaut aparecerão e falaram para você ir para o Correio (posto dos pelippers). Vá no mural e pega a missão do Umproar Florest. Nessa missão, você tem que derrotar uma gangue de Mankeys. Chegando no 10° andar, você vai encontrá-los, e terá que acabar com os três Mankeys. Eles são muito fracos, então será fácil derrotá-los. Chegando a sua casa, o Wynaut e o Wobbufet vão te agradecer e como retribuição, eles vão te dar uma “Chestnut”. Seu parceiro fica confuso, e o Wynaut explica que deu isso porque eles não têm dinheiro. De repente, aquela gangue de Mankeys vai aparecer novamente, e eles querem uma revanche! Quando eles estão prestes a te atacar, eles observam que você tem uma “Chestnut”. E aproveitam para pedir se podem ficar com ela. Em troca dela, eles vão reformar a base da sua equipe. Agora aparece também o Caterpie, e todos querem ajudar vocês! Vocês começam a trabalhar, e constroem a “base” da reforma. Mas o Mankeys acham o trabalho cansativo e chato, e não querem mais trabalhar. Eles falam que só vão continuar o trabalho se ganharem mais “Chestnuts”! Vá novamente ao mesmo dungeon dos Mankeys, e no 9° andar você vai encontrar uma “Chestnut”. Entregue aos Mankeys, e eles vão continuar a reforma da base. Mas não será o bastante, e você terá que pegar mais uma “Chestnut”! Depois a sua base vai estar finalmente pronta!

Agora que a base está pronta, você não precisa mais pagar os Mankeys. Por causa disso eles ficam revoltados, e começam a tentar destruir toda a base da equipe. Mas vocês conseguem impededi-los, e salvam a sua casa. Na manhã seguinte, cumpra mais algumas missões extras e depois, você vai acordar com um terremoto. Saindo da nova base, você vai encontrar o Lombre. Ela fala para vocês irem até o Pokémon Square. Lá, você irá encontrar muitos Pokémon reunidos. Eles são de diferentes equipes de resgate do mundo todo. Shiftry fala que Alakazam e sua equipe desapareceram, e que precisa de ajuda. Shiftry chamou todos esses Pokémon para formarem a equipe de resgate mais forte de todos os tempos. O único problema é que ninguém se candidata. Mas depois um Blastoise, uma Octillery e um Golem acabam querendo ajudar. Agora essa nova equipe está prestes a enfrentar Groundon!

Depois da cena, você volta para sua casa. Cumpra algumas missões, e aproveite para treinar bastante. Depois de cumprir as missões, você vai acordar por causa de outro terremoto! Seu companheiro entra e fala para vocês irem até o Pokémon Square imediatamente. Quando chegarem, vão encontrar aquela equipe formada pelo Shiftry caída no chão. Os três não conseguiram derrotar Groundon! Então Gengar aparece e fala que é impossível derrotá-lo. Ninguém mais quer se arriscar na batalha, mas vocês decidem que vão resgatar a equipe A.C.T. Todos concordam com você, e Gengar fica confuso. Agora chegou sua vez de ir ao Underground Dungeon, para enfrentar groundon! Se os seus Pokémon estiverem acima do level 25, fique tranqüilo. Também vá ao Gulpin Shop e “linke” alguns de seus ataques. Em seguida você terá outro sonho e depois vamos rumo ao guardião da terra. E essa caverna tem 23 andares! Depois de todos esses andares, você chegará à estátua do Kangaskhan. Aproveite ela para salvar o jogo. Agora só tem mais um andar pela frente. Lá o chão começa a tremer. Groundon está perto! Quando ele pára, você encontra o Charizard e o Tyranitar caídos no chão. Eles falam que Alakazam está batalhando com Groundon. Agora chega à hora de sua grande batalha. No próximo andar, vocês encontra o Alakazam, e ele diz que Groundon é forte demais para vocês. Então o Alakazam desaparece, e no lugar dele aparece o Groundon. Depois de derrotá-lo Alakazam, Charizard e Tyranitar vão aparecer e quando você menos esperar começará outro terremoto, e vocês precisam sair logo. Chegando ao Pokémon Square, todos ficam surpresos e felizes por vocês terem conseguido resgatar a equipe de Alakazam. Shiftry nem acredita que vocês ficaram tão fortes! Mas de repente um brilho surge do nada. Seu companheiro fala que é o Xatu, e ele está se comunicando por telepatia. Xatu fala que uma estrela gigante está se aproximando da Terra, e que vai destruí-la. Ele também fala que todos os desastres naturais que estão ocorrendo foram causados por essa estrela e que a estrela está cada vez mais perto! Alakazam pergunta se eles podem evitar a colisão da Terra com a estrela. Xatu fala que a única maneira é falar com o Rayquaza, um Pokémon lendário que vive no céu. Então Xatu tem a idéia de ele e Alakazam juntos criarem um tele transporte, para que vocês possam ir até o céu. Vocês concordam, pois vocês estão dispostos à salvar o planeta!

Parte 8 – O fim

Agora aproveite para abastecer seu estoque de itens e “linkar” ataques. Se os seus Pokémon estiverem acima do level 30, você pode ficar calmo, que irá cumprir esta missão facilmente. Agora fale com seu companheiro, e vá dormir. Como sempre, você começa a sonhar, mas esse não é bem um sonho, é Gengar que está sugando todos os seus sonhos. Mas uma luz branca aparece e assusta Gengar, e ele foge. Aquela luz era a Gardevoir, e ela fala que chegou a hora de revelar os segredos que guarda. Ela diz que você veio para este planeta para salvá-lo da destruição. Também fala que você é um herói. Finalmente Gardevoir fala que sua última missão é deter a estrela gigante, e depois poderá voltar a ser um humano. Mas você se lembra de seu parceiro, e fica triste, pois nunca mais irá vê-lo. No dia seguinte, como já está preparado, então vá direto para a Sky Tower. Lá você vai encontrar o Alakazam e o Xatu, que estavam à sua espera. Xatu entrega para vocês a Teleport Gem. Com ela vocês serão teletransportados para a Sky Tower. Agora começa sua última e mais difícil aventura. A Sky Tower fica encima das nuvens. Seu parceiro fica admirado com a vista de lá. A Sky Tower tem nada mais e nada menos que 25 andares! Depois de todos esses andares, salve o jogo, pois ainda tem mais nove andares! No fim da torre, você encontrará o Rayquaza. Depois de derrotá-lo, seu amigo pede para ele olhar para o alto. Ele observa a estrela gigante, e fica surpreso. Ele fala que pode destruí-la com um Hyper-Beam, mas como está muito perto ele pode errar. Você pensa que agora está em um sonho, mas não está. Gengar aparece, e fala que agora você está no mundo sombrio. Ele começa a te arrastar pelo chão. Mas depois de andar um pouco, ele te deixará sozinho lá. Você vai acordar, e todos os Pokémon vão estar em volta de você. Eles ficam emocionados e felizes por vocês estarem bem. Seu amigo se lembra da estrela, e pergunta o que aconteceu com ela. Xatu fala que a estrela gigante não destruiu a Terra, e que os desastres naturais se acalmaram. Agora aparecerão todos os lugares do Pokémon Square. Muito feliz, Blastoise fala que vai lançar até uma Hydro Pump, mas o Lombre está na mira dele! Todos o seguram para não o atacar. Gardevoir aparece, e fala que você precisa retornar para seu mundo. Você, então, começa a desaparecer, e todos ficam espantados. Você fala que precisa partir, e ninguém entende. Finalmente chega o momento de você partir. Você vira uma bola de luz, como um espírito, e não sabe para onde está indo. Começam a aparecer frases, falando que você pode ver seu amigo novamente. E aqui começam os créditos. Se você pensa que sua aventura acabou aqui, está muito enganado...